پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

بازگویی مجلل و باشکوه از داستان واقعی آخرین سفر، نابودی و غرق شدن کشتی جنگی یاماتو، بزرگ‌ترین کشتی جنگی و پرچمدار ژاپن در طول جنگ جهانی دوم.

دو آدمکش اجیر می‌شوند تا همسر دوم یک تاجر شمع را به قتل برسانند، اما کسی در حال تماشا کردن است.

بخش دوم از یک درام حماسی درباره جنگ و تاثیرات آن بر انسان‌ها، که سرنوشت خانواده گودای را از سال ۱۹۳۵ تا زمان حمله ژاپن به چین دنبال می‌کند. بر اساس رمان‌هایی از جومپی گومیکاوا، نویسنده رمان «وضعیت بشری».

کنگلومرای نوپای خانواده گودای برنامه‌ریزی می‌کند تا روابط خود را با تندروهای ارتش کوانتونگ تقویت کند، زیرا آن‌ها در حال برنامه‌ریزی برای گسترش نظامی در منچوری هستند.

سال‌ها جنگ با اتحاد ژاپن تحت حکومت شوگون‌سالاری توکوگاوا به پایان می‌رسد و ساسوکه ساروتوبی، جاسوس سامورایی که از درگیری خسته شده است، آرزوی صلح دارد. با این حال، هنگامی که یک جاسوس عالی‌رتبه به نام تاتواکی کوریاما از شوگون به یک قبیله رقیب پناهنده می‌شود، دنیای شمشیرزنان دچار آشوب می‌شود. پس از اینکه ساسوکه ناخواسته به این درگیری کشیده می‌شود، تاتواکی را تعقیب می‌کند، در حالی که به نظر می‌رسد یک شخصیت مرموز با شنل سفید هر دوی آن‌ها را شکار می‌کند. در پایان داستان، هیچ‌کس آن چیزی نیست که به نظر می‌رسید و حقیقت بسیار شخصی‌تر از آن است که کسی تصورش را می‌کرد. فیلم «جاسوس سامورایی» ساخته ماساهیرو شینودا، سرشار از توطئه‌های قبیله‌ای، جاسوسان نینجا و خیانت‌های چندجانبه، یک انحراف سبکی جسورانه از سنت فیلم‌های شمشیرزنی به شمار می‌رود.

زنی مطلقه تن به ازدواجی می‌دهد که مادرش ترتیب داده است تا در ازای دریافت پول، جان پسرش را که به شدت بیمار است نجات دهد.